وتفحص الهيئة 80 عينة يوميًا، يتم أخذها من داخل المسجد الحرام، بهدف التأكد من جودة الهواء، ونظافة الأسطح، وسلامة ماء زمزم، والتمور والأغذية التي يتم توزيعها على القاصدين والزوار، للمحافظة على سلامتهم، وتوفير بيئة صحية آمنة، حيث يتم أخذ العينات، وإجراء الفحوص المخبرية (الكيمياء التحليلية، والأحياء الدقيقة، والفيزيائية) داخل مختبر الأوبئة في المسجد الحرام، حيث يتم تحليل 50 عينة من ماء زمزم، و20 عينة من التمور والمواد الغذائية، و10 عينات للأسطح، بالإضافة إلى التحقق من جودة الهواء.
ويعتمد المختبر على ثلاثة أنواع تحليلية، لتحقيق أعلى معايير الجودة، هي: التحاليل المايكروبيولوجية والتحاليل الكيميائية والتحاليل الفيزيائية، بينما يتم الفحص الميكروبي من خلال استخدام جهاز قياس نسبة التلوث (المسح الفوري).
وتتم مراقبة ماء زمزم، وجودة التمور والأغذية التي يتم توزيعها في المسجد الحرام، وأعمال تنظيف وتعقيم السجاد، وفاعلية مواد النظافة والمطهرات المستخدمة في تنظيف الأسطح والأرضيات، حيث يتم أخذ مسحات من السجاد، وأسطح المشربيات، والسلالم الكهربائية، ودواليب وأرفف المصاحف، والحواجز البلاستيكية، والأبواب، وغيرها من الأسطح، وسحب عينات من جميع مصادر مياه زمزم (المشربيات، ونقاط التعبئة، والخزانات، ومحطات تبريد زمزم).
